治水應以系統化思維進行綜合治水對策的研擬，包括以生態規劃為河川治理原則，從流域系統、順應河性、生態環境融合等觀念進行整體規劃與思考，水利局因此積極推動流域綜合治水，強化河川、水庫疏浚，山坡地、海岸沙洲水土保持與管理，亦持續執行雨水下水道建設，建構完整都市排水系統，確保量足、優質、永續之水資源及加強水資源保育管理。
另方面落實污水下水道建設及水質淨化設施，提升優質生活環境品質與回收水再利用，對於監控水情及防災搶險方面，建立各分區迅速回應機制，進而達成行動水情監控，目標為打造本市為不淹水城市，進而提升生活品質與城市競爭力。
一、整合全市防洪設施納入水情監控系統：（業務成果面向）
（一）辦理本市易淹水地區區域排水水位站62站之維護案，確保水位站正常發揮水位監測功能，以強化本市防災作業。
（二）推動建立自主防災社區，強化非工程手段防災措施之落實，104年度目標加強20個既有水患自主防災社區持續運轉，以強化社區已建置之自主防災作業。
（三）整合水情中心監控之系統中心規劃設計及擴充建置，期強化水情監控系統，以提升本市防汛資訊監控及應變之能力。
（四）擴充本市轄內水情資訊巡查APP應用程式，結合水利建造物圖資，使巡查人員能將巡查成果即時回傳，強化應變防災能力，並持續推廣APP應用，以提供市民防災資訊。
二、落實水資源保育及永續利用政策：（業務成果面向）
（一）積極推動水質水量保護區水源保育與回饋業務，以符合受限者得償之精神避免保護區內居民權利受損，另配合水利署落實水質水量保護區巡查作業，強化保護區之管理，並鼓勵公所辦理保護區內相關獎勵保育計畫，已達涵養水源、淨化水質目的，促進國土保育及永續經營。
（二）保育地下水資源，核發地面水水源及鼓勵漁民使用地面水養殖，以落實水資源合理永續運用。
（三）依循違法水法處置策略辦理巡查及封填作業，預計填塞200口水井，降低地下水違法抽取量。
三、降低淹水地區水患威脅：（業務成果面向）
（一）配合中央「流域綜合治理計畫」推動各階段治理工程，辦理綜合治水及流域整體治理規劃及用地取得，並辦理瓶頸段拓寬改善緊急工程以及急要段應急工程，預計辦理比率可達85%，本計畫已於103年6月開始辦理，預計108年12月底結束。
（二）加強區域排水、中小排水水利工程建設，維護各河川、排水暢通，保障人民財產安全，預計辦理比率可達80%，預計104年1月開始辦理。
（三）市管區域排水保護標準為10年重現期洪水設計，25年重現期不溢堤為目標，於人口密集地區或重大建設地區達50~100年重現期距、為防洪設施完成率可提升至25%以上目標，預計辦理比率可達70%，預計104年1月開始辦理。
四、加強區域排水疏浚：（業務成果面向）
（一）加強區域排水及中小排水疏浚工程，預計完成70條區域排水，疏通約50公里。
（二）針對沿海地區包括七股區、將軍區、北門區等區域排水範圍內，違法蚵架及定置漁網執行拆除作業，以確保排水路通洪能力正常發揮，預計完成13條排水路拆除作業，約25公里。
五、維護管理防洪設施：（業務成果面向）
（一）落實水閘門及抽水站維護管理工作，落實執行例行及年度維護保養，以發揮設施防洪功能，確保防汛期正常發揮禦潮及排洪功能。加強執行水利建造物之安全檢查，定期派員自主檢查，抽水站汛期每週檢查1次、非汛期每月檢查2次，水門汛期每月檢查2次、非汛期每月檢查1次。
（二）預定完成抽水站45座操作維護管理，及水門1,450扇維護工作。
（三）預計完成抽水站、水閘門更新、整修工程4件。
六、加強山坡地監督管理、水土保持及推動海岸潟湖沙洲之保育工作：（業務成果面向）
（一）加強山坡地監督管理，水土保持教育與宣導，可利用限度查定、超限利用管理及水土保持計畫監督管理、落實治山防洪工程，預計沙洲復育完成500公尺，辦理水土保持教育與宣導座談會2場及可利用限度查定預計完成100筆地號。
（二）檢討全市山坡地範圍，訂定山坡地範圍劃出及劃入機制，促進國土有效利用。
（三）加強土石流災前宣導、預警、撤離疏散、災中監測避免二次災害以及災後致災原因調查，減輕坡地崩塌及土石流災害。
（四）辦理沿海沙灘、沙洲保育工程，協助疏濬潟湖淤砂，增加潟湖蓄洪能量、保育潟湖豐富自然生態，並加高培厚沙洲，建立沿海地區抵禦颱風暴潮之第一道防線。
七、積極籌建污水下水道建設及建全污水處理設施營運管理：（業務成果面向）
（一）提供市民一健康的優良居住環境，配合中央政策積極籌建及開辦污水下水道建設，污水下水道用戶接管普及率預計至104年底提升至23.5%以上。
（二）積極管理全市污水處理設施、健全維護保養、辦理功能提升與管線維護、建置污水下水道地理資訊系統及評鑑制度，確保都市污水處理成效，全年符合放流規定。
（三）運用各種污水處理技術，建設污水處理或截流設施，改善河川水質，預計辦理6處水質淨化場運轉及1處水質淨化工程施作。
八、積極建設水質淨化設施，檢核轄境內水質淨化場操作成效，目標進流水之BOD、SS及氨氮去除率達70%，以完成本市境內流域水質保護工作：（業務成果面向）
（一）積極爭取經費提報劉厝排水、月津港排水、柴頭港溪、新市排水虎頭溪排水等水質淨化工程。
（二）運河於沿岸截流未接管之污水，並擴充安平水資源回收中心功能，將運河污染源—民生污水全部納入安平水資源回收中心處理。
（三）評估結合環保局低碳城市計畫，以人工濕地固碳，提升城市競爭力。
九、推動回收水及下水污泥資源再利用，落實零廢棄政策：（業務成果面向）
（一）基於本市為季節性工業用水缺水區域，且因應新水源開發遭遇之環境面向問題、時間性及困難度，推動安平污水廠放流水回收政策，擬建置日供水量5萬噸級之回收水逆滲透處理再利用廠，供應大臺南地區工業用水，以促進民間設廠投資、推動經濟發展。
（二）為因應本府目前所管轄四座民生用污水處理廠安平、虎尾寮、官田及柳營廠，另有新建規劃中仁德及永康廠，污泥產出量逐步增多，且鑒於民生污水處理廠之廢棄污泥擬列入事業廢棄物，致處理成本大幅提升，本府刻正辦理下水污泥厭氧消化回收有用能源，同時辦理廢棄污泥減量計畫，擬採統包工程於本市北門地區建設污泥再利用場地，朝燒結再製土建材料方向執行，進一步打造銷售通路，補貼本市財政。
十、提升雨水下水道普及率及加強維護與管理：（業務成果面向）
（一）為使本市市民有更加良好之生活品質與生活環境，並減少淹水之情況發生，依據臺南市雨水下水道系統規劃報告興建，積極推動本市下水道系統建設之普及，預計民國104年雨水下水道建設普及率將達60.91%，人口密度較高區域之雨水下水道建設率預計將達80%。
（二）維護雨水下水道系統並巡檢其通水功能，確保防範水患於未然。統計95至102年間永華行政區之雨水下水道清疏長度達337,933m，預計104年永華行政區雨水下水道清疏長度將達430,000m。
（三）為打造親水環境設施，致力推動河溪綠化、建立水岸自行車道及山海圳綠道，利用嘉南大圳親水廊道串連擁有歷史文化綠帶步道之臺灣歷史博物館、台江國家公園與烏山頭水庫，配合保育台江濕地、紅樹林等豐富植物生態，增加生態教育與休閒活動，帶動台江觀光產業發展，營造臺南市第一條全長約45公里「山海圳」綠道，同時連結二者自行車道形成鐵馬通勤網。
十一、提升為民服務之品質及效能：（行政效率面向）
（一）辦理業務相關講習，提升承辦人員專業素養，預計辦理業務相關講習12場次。
（二）召募地層下陷志工協助本府宣導民眾勿抽取地下水，避免造成地層下陷，危害國土，亦提升為民服務效能，104年預計辦理2場地層下陷防治宣導說明會。
（三）加強輔導、宣導山坡地申請之開發行為（教育訓練3場、社區宣導4場及校園宣導7場）、違法蚵架拆除及執行違法水井處置，保障國土安全及全民生命財產安全。
十二、提升人力資源素質，落實終身學習觀念：（組織學習面向）
強化同仁終身學習觀念，鼓勵參與學習，增進新知能，並以同仁終身學習年平均數作為達成本目標之指標，設定同仁每年學習時數平均應達40小時以上且數位學習時數平均達10小時以上。
十三、提高預算執行力：（財務管理面向）
有效運用年度歲出分配預算，提高預算執行效率，並撙節各項支出。每年經常門預算數執行率達80%以上，資本門預算數執行率達80%以上。