治水應以系統化思維進行綜合治水對策的研擬，包括以生態規劃為河川治理原則，從流域系統、順應河性、生態環境融合等觀念進行整體規劃與思考，水利局因此積極推動流域綜合治水，強化河川、水庫疏浚，山坡地、海岸沙洲水土保持與管理，亦持續執行雨水下水道建設，建構完整都市排水系統，確保量足、優質、永續之水資源及加強水資源保育管理。
另方面落實污水下水道建設及水質淨化設施，提升優質生活環境品質與回收水再利用，對於監控水情及防災搶險方面，建立各分區迅速回應機制，進而達成行動水情監控，目標為打造本市為不淹水城市，進而提升生活品質與城市競爭力。
水利局依據市府中程施政計畫及106年度施政綱要，並針對當前市政現況，配合市政未來發展需求，編定106年度施政計畫，其施政目標與重點如次：
壹、年度施政目標
一、整合全市防洪設施納入水情監控系統：（業務成果面向）
（一）辦理本市易淹水地區區域排水水位站68站之維護案，確保水位站正常發揮水位監測功能，以強化本市防災作業，106年度目標建置3-5區域排水水位站。
（二）推動建立自主防災社區，強化非工程手段防災措施之落實，106年度目標加強20個既有水患自主防災社區持續運轉，以強化社區已建置之自主防災作業。
（三）整合水利局水情中心監控之系統中心規劃設計及擴充建置，期強化水利局水情監控系統，以提升本市防汛資訊監控及應變之能力。
（四）擴充本市轄內水情資訊巡查APP應用程式，結合水利建造物圖資，使巡查人員能將巡查成果即時回傳，強化應變防災能力，並持續推廣APP應用，以提供市民防災資訊。
二、落實水資源保育及永續利用政策：（業務成果面向）
（一）積極推動水質水量保護區水源保育與回饋業務，以符合受限者得償之精神避免保護區內居民權利受損。
（二）保育地下水資源，核發地面水水源及鼓勵漁民使用地面水養殖，以落實水資源合理永續運用。
（三）依循違法水井處置策略辦理巡查及封填作業，預計完成填塞200口違法水井，降低地下水違法抽取量。
三、降低淹水地區水患威脅：（業務成果面向）
（一）配合中央「流域綜合治理計畫」推動各階段治理工程，辦理綜合治水及流域整體治理規劃及用地取得，並辦理瓶頸段拓寬改善緊急工程以及急要段應急工程，預計辦理比率可達85%，本計畫已於103年6月開始辦理，預計108年12月底結束。106年度預計繼續辦理流域綜合治理計畫第1期及第2期各項工程之測設、施工及用地取得作業。
（二）加強區域排水、中小排水水利工程建設，維護各河川、排水暢通，保障人民財產安全，預計辦理比率可達80%，預計106年1月開始辦理。
（三）市管區域排水保護標準為10年重現期洪水設計，25年重現期不溢堤為目標，於人口密集地區或重大建設地區達50～100年重現期距、為防洪設施完成率可提升至25%以上目標，預計辦理比率可達70%，預計106年1月開始辦理。
四、加強區域排水疏浚：（業務成果面向）
（一）加強區域排水及中小排水疏浚工程，預計完成70條區域排水，疏通約50公里。
（二）針對沿海地區包括七股區、將軍區、北門區等區域排水範圍內，違法蚵架及定置漁網執行拆除作業，以確保排水路通洪能力正常發揮，預計完成13條排水路拆除作業，約25公里。
五、維護管理防洪設施：（業務成果面向）
（一）落實水閘門及抽水站維護管理工作，落實執行例行及年度維護保養，以發揮設施防洪功能，確保防汛期正常發揮禦潮及排洪功能。加強執行水利建造物之安全檢查，定期派員自主檢查，抽水站汛期每週檢查1次、非汛期每月檢查2次，水門汛期每月檢查2次、非汛期每月檢查1次，提高設備妥善率。
（二）預定完成抽水站51座操作維護管理，及水門2,032座維護工作。
（三）預計完成崑山抽水站、學甲區華宗抽水站、仁德土庫抽水站新建工程施工，老舊閘門及抽水站設備更新整修4處。
六、加強山坡地治理、土石流自主防災、水土保持及推動海岸潟湖沙洲之保育工作：（業務成果面向）
（一）加強山坡地監督管理，辦理水土保持教育訓練與宣導、可利用限度查定、超限利用管理及水土保持計畫監督管理、落實治山防洪工程，預計沙洲復育完成500公尺，辦理水土保持教育與宣導座談會3場及可利用限度查定預計完成600筆地號。
（二）訂定山坡地範圍劃出及劃入機制，促進國土有效利用。
（三）辦理土石流疏散避難宣導及演練、推動土石流自主防災社區，強化非工程手段防災措施之落實，106年度目標為舉辦1場土石流大型演練及8場保全住戶疏散避難宣導活動，並加強推動警戒值低及高潛勢5個土石流自主防災社區運轉，以強化社區自主防災作業。
（四）辦理本市山坡地危險聚落（含土石流潛勢溪流）調查、應變研判及治理工程評估；延續辦理土石流潛勢溪流保全住戶及避難路線保護工程，降低土石流致災風險及強化保全住戶疏散避難路線安全，預計完成4處保全工程治理。
七、積極籌建污水下水道建設及建全污水處理設施營運管理：（業務成果面向）
（一）提供市民一健康的優良居住環境，配合中央政策積極籌建及開辦污水下水道建設，污水下水道用戶接管累計至106年底達12萬5,000戶以上。
（二）積極管理全市污水處理設施、健全維護保養、辦理功能提升與管線維護、建置污水下水道地理資訊系統及評鑑制度，確保都市污水處理成效，全年符合放流規定。
（三）運用各種污水處理技術，建設污水處理或截流設施，改善河川水質，預計辦理6處水質淨化場運轉及1處水質淨化工程、1處人工濕地工程施作。
（四）建全營運水質淨化設施，檢核轄境內水質淨化場操作成效，目標進流水之BOD、SS及氨氮去除率達70%，以完成本市境內急水溪，鹽水溪及二仁溪等流域水質保護工作。
（五）積極向環保署爭取經費提報劉厝排水規劃案、月津港排水、安順寮排水、柴頭港溪等水質淨化工程。
（六）運河沿岸未接管之污水加強截流，並擴充安平水資源回收中心功能，將運河污染源民生污水全部納入安平水資源回收中心處理。
（七）評估結合環保局低碳城市計畫，以人工濕地固碳，提升城巿競爭力。
（八）運用各種污水處理技術，建設污水處理及截流設施，改善河川水質。
八、推動回收水及下水污泥資源再利用，污水處理收費制度與太陽能光電發電系統：（業務成果面向）
（一）臺南市的安平水資源回收中心及永康水資源回收中心等2廠，已納入全臺6大再生水廠示範計畫案。本府105~107年辦理為期2年之「台南永康污水處理廠水再生利用磨廠後續營運計畫」及「臺南市安平及永康水資源回收中心放流水回收再利用先期規劃」委託專業服務案。預計於106年完成公開招商事宜，109年先提供0.8萬噸之再生水，113年即可提供到1.5萬噸再生水給南科臺南園區及樹谷園區需求廠商，將臺南市水資源回收放流水回收再利用推向另一個新紀元。
（二）因應水利局目前所管轄五座民生用污水處理廠安平、虎尾寮、官田、柳營及仁德廠，另有新建規劃中永康廠，污泥產出量逐步增多，且鑒於民生污水處理廠之廢棄污泥擬列入事業廢棄物，致處理成本大幅提升，水利局刻正辦理下水污泥厭氧消化回收有用能源，同時向營建署爭取辦理廢棄污泥減量計畫，擬採統包工程於本市北門地區建設污泥再利用場地，朝燒結再製土建材料方向執行。
（三）為因應部分事業體申請將類民生污水納入公共污水下水道系統，建立污水處理收費制度。
（四）提供安平污水廠公有公共空間發展太陽能光電發電系統與建置智慧電表，監控用電量，發展綠能與達成節能減碳目標。
九、提升雨水下水道普及率及加強維護與管理：（業務成果面向）
（一）為使本市市民有更加良好之生活品質與生活環境，並減少淹水之情況發生，依據臺南市雨水下水道系統規劃報告興建，積極推動本市下水道系統建設之普及，預計民國106年雨水下水道建設普及率將達64%，人口密度較高區域之雨水下水道建設率預計將達80%。
（二）維護雨水下水道系統並巡檢其通水功能，確保防範水患於未然。統計95至106年間永華行政區之雨水下水道清疏長度達790,000m。
（三）短延時強降雨情況下，原設計標準之都市雨水下水道及溝渠收集系統無法容納超量雨水，尤以市區集流時間短之道路側溝收集系統常排水不及。水利局除持續建設雨水下水道及市管區域排水外，另短中長程對策如列：
1.確保道路側溝、雨水下水道及區域排水通水順暢，每年編列雨水箱涵及區域排水清疏費用，每月防汛會議追蹤設算於各區公所及環保局側溝清淤狀況，並加強清淤易積淹水區之道路側溝。
2.及時應變佈設移動式抽水機及新建抽水站，全市現階段移動式抽水機大小座計340座，抽水站計50站，預計106年度將增設完成4處抽水站及水門新設汰舊。
3.水情資訊傳遞爭取應變時間 ，由水情中心值班人員於監控中心監控雨量、水位資訊、移動式抽水機遠端遙控，如突發暴雨時，由水情中心值班人員通知轄區啟動抽水機、遠端遙控開啟截流閘門及關閉進流閘門等即時監控處置，並啟動本市自主防災社區垂直避難。
4.出流管制、逕流減量，加強新開發地區之出流管制，現階段皆依排水管理辦法要求新開發地區檢討逕流量、留設雨水調節空間，目前已經水利署補助「「流域綜合治理計畫」逕流分擔與出流管制試辦操作—以安南區為例委託專業服務」，預計106年度可擬訂安南區的出流管制原則供各界辦理土地開發使用。
十、打造親水環境，致力推動水岸自行車道建設：（業務成果面向）
（一）橫跨大臺南豐富的歷史文化資產和景觀生態，南起台江國家公園四草，沿嘉南大圳到烏山頭水庫，全長45公里，整體區域面積225公頃。已完成約30公里，並於104年10月6日正式啟用橫跨嘉南大圳的自行車橋，綠色廊道再邁前一步。預計106年嘉南大圳旁自行車道完成後將全線通車。
（二）建置山海圳綠道，全長約45公里，已完成約30公里。雙博物館路線，全長約40公里，已完成約28公里。
（三）打造仁德滯洪池、港尾溝滯洪池及竹溪親水綠廊等親水環境，除完成水域內水質淨化改善外，大量植樹綠化，優化生態環境。重點改造竹溪沿岸親水綠廊環境，結合竹溪寺與附近體育園區、文化藝術轉角，打造竹溪為翡翠綠環中兼具自然生態與人文歷史特色的都市溪流，提供巿民舒適且生態良好之休憩空間。
十一、竹溪親水綠廊營造計畫：（業務成果面向）
（一）竹溪親水綠廊道計畫主要規劃為三期建設，106年度將啟動竹溪綠廊道第一期計畫工程施作，主要範圍為法華橋至竹溪橋區間之水域與沿岸景觀，主要工作內容包含水質改善與整體環境再造。
（二）水質改善工作為設置截流系統與地下化之水質淨化場，將現有箱涵內之晴天污水進行截流後輸送至水質淨化處理，處理後之清水再補助回竹溪作為水源，以降低竹溪水域之整體污染並有效改善水質。
（三）藉由水質淨化成果同時透過水岸改造與體育公園之整體景觀設計，於都會地區打造安全之自然溪流與綠蔭生態之整體環境，並透過合宜之交通規劃，創造體育公園內人車分流之安全動線與停車空間，除提供市民舒適之休憩與運動環境外，亦作為第二期計畫之整體基礎。
（四）竹溪親水綠廊預期成果與效益說明如下：景觀環境改善部份，體育園區總面積192,000M2，本計畫綠美化面積約54,300M2，提升綠覆率約25％，增加或改善人行徒步空間面積約4,500M2。水質部份改善部份，每日處理污水量22,000CMD，污染物平均去除率70%以上，每日去除污染物總重量950kg。
十二、提升為民服務之品質及效能：（行政效率面向）
（一）辦理業務相關講習，提升承辦人員專業素養，預計辦理業務相關講習12場次。
（二）召募地層下陷志工協助本府水利局宣導民眾勿抽取地下水，避免造成地層下陷，危害國土，106年預計辦理2場地層下陷防治宣導說明會。
（三）加強輔導、宣導山坡地申請之開發行為（教育訓練3場、社區宣導6場及校園宣導7場）、違法蚵架拆除及執行違法水井處置，保障國土安全及全民生命財產安全。
十三、提升人力資源素質，落實終身學習觀念：（組織學習面向）
（一）強化水利局同仁終身學習觀念，鼓勵參與學習，增進新知能，並以水利局同仁終身學習年平均數作為達成本目標之指標，設定水利局同仁每年學習時數平均應達40小時以上且數位學習時數平均達10小時以上。
（二）積極營造英語學習環境，提升水利局同仁英語力運用並鼓勵主動參與英語相關培訓課程及活動且落實市府訂定之英檢通過率40%以上。
十四、提高預算執行力：（財務管理面向）
（一）有效運用年度歲出分配預算，提高預算執行效率，並撙節各項支出。每年經常門預算數執行率達80%以上，資本門預算數執行率達80%以上。
（二）參考前一年度決算情形，確實檢討已過時或不具效益之計畫，有效配置教育資源，擬定未來年度預算。