沙洲及潟湖是老天送給臺南的大禮，除了生態豐富、景觀優美，最重要的是還兼具抵禦暴潮及滯洪的防災功能。臺南市北門及七股沿海由王爺港沙洲、青山港沙洲、網仔寮沙洲及頂頭額沙洲等多個沙洲與外海隔絕成北門潟湖及七股潟湖，潟湖內生態特別豐富，單單螃蟹就有三十幾種，魚蝦貝類更多達兩百種以上，冬天更是鳥類明星黑面琵鷺渡冬的棲地，尤其在夕輝映下，搭乘觀光漁筏更有機會可以欣賞到黑面琵鷺在蚵棚上的曼妙舞姿，體驗獨一無二的潟湖美景。除了上述所帶來的經濟效益外，最重要的是沙洲及潟湖的防災功能，因為沙洲及潟湖本身就是一個大型的天然防波堤及滯洪池，可以抵禦外海颱風的暴潮，以及容納大寮、六成及劉厝排水於颱風豪雨時排出的洪水，當地人甚至把七股潟湖稱作是保障人民生命財產安全的「台江守護神」，主張要妥善保護潟湖，讓七股潟湖可以永續保存。
沙洲及潟湖可以說是海岸天然的第一道防波堤及滯洪池，如未及時辦理復育工程，恐對沿海整體防災功能造成嚴重影響，因此本局逐年辦理沙洲與潟湖復育工程，目前已有效復育穩固沙洲恢復植生，並朝向潟湖永續發展為目標。