大內區石子瀨排水出口銜接曾文溪，颱洪期間若曾文溪水位高漲時，將無法重力排出，增加積淹水風險。臺南市長黃偉哲為改善防汛問題，陸續爭取經費擴建石子瀨排水抽水機組，目前第1期和第2期共增設5cms，增加逾5倍抽水量能，大幅提升防洪效能，有效降低淹水危害。
水利局表示，石子瀨排水抽水站原抽水量僅0.8cms抽水量能不足，自109年積極爭取5,000萬元辦理「大內區石子瀨排水抽水設備更新應急工程」(第1期)，完成新建5cms抽水站體及設置2cms抽水機，112年再爭取3,600萬元辦理「大內區石子瀨排水抽水設備更新應急改善工程」(第2期)，增設3cms抽水機，總抽水量能達5.8cms，並設置撈污機避免抽水機阻塞，且開闢6,000立方公尺容量之前池，以穩定抽水及調洪功能，有效改善因內水無法排出而造成之積淹水問題。
水利局指出，大內區石子瀨排水集水區，治水對策可分為高、低地辦理改善，高地坡地排水已完成4,200立方公尺容量沉砂池及梳子壩，以調節土砂流下，減少排水路土砂淤積情形，兼具滯洪功能，有效改善坡地排水問題。低地的部分則受曾文溪水位影響，當曾文溪水位高漲時下游低地區域無法宣洩導致淹水，目前已陸續擴建抽水機組，以利協助宣洩內水，降低下游地區淹水風險。
水利局接續說明，為及早完成防汛整備作業，提升區域防洪效能，第2期抽水機組已於汛期前完成試運轉，已可妥善與前期抽水機組聯合操作，前池工程亦已完成，可確保於颱風季節發揮整體防汛效能。