本市受梅雨鋒面影響，自昨(5)日下午3時即有間歇性大雨發生，臺南市長黃偉哲提醒，目前梅雨鋒面仍持續影響本市，氣象局預計明(7)日方轉趨緩，也要求市府單位及各區公所主動加強巡檢道路側溝，如有阻塞情形應立即清除，同時請各位市民朋友提高警覺，做好相關防汛工作，如有災情欲通報，歡迎撥打市民服務專線1999。
水利局表示，根據中央氣象局及水情三級應變中心資料顯示，臺南受梅雨鋒面影響，截至6日9:00，最大24小時累積雨量為下營區403mm，全市37區皆達大豪雨等級，另根據氣象預報，本日梅雨鋒面依舊是滯留於臺灣上空，因此臺南都還是陰有短暫陣雨或雷雨的天氣，預期白天還是會有較大雨勢發生，不過隨午後西南風略有減弱，臺南的降雨將逐漸趨緩，雖然後續迎風面地區陸陸續續都還是有些陣雨，但整個降雨範圍及強度將會明顯的縮減。
水利局說明，因應梅雨鋒面及熱帶型低氣壓外圍環流影響，水利局已於6月4日先行啟動防汛巡查，指示抽水站、抽水機操作人員保持警戒，並確保油料充足，並於6月5日上午8點啟動三級開設，經統計共有喜樹、下營、安平、永康等47座抽水站起抽，截至6日早上9點，抽水量約701萬噸，並預定於6日上午11點與經濟部水災應變二級視訊連線。
水利局表示，本次強降雨事件截至6日上午6點止，總計積淹水通報案件計有28處，主要分布於麻豆、新營、後壁、下營及永康等區，目前已退水22處、未退水6處，包含麻豆區北勢南57涵洞、麻豆區北勢里東平寮過西平寮涵洞及新市區三舍里涵洞……等6處，積淹水深度介於10~80公分(其中30公分以上涵洞有4件)，部分道路有積淹水災情傳出，主要係強降雨集中宣洩不及所致，多數地區於降雨趨緩後隨即退水，少部分低窪及涵洞區域尚在退水中，計有11處道路及13處橋樑因降雨影響，暫時封閉，另行政院農委會水土保持局目前對本市發布3條黃色土石流警戒(楠西區) ，請用路人務必多加留意相關情資。
水利局呼籲民眾外出務必注意安全，也可多利用「臺南水情即時通APP」，及台南市政府官方Line群組或中央氣象局官方網站，隨時掌握降雨及交通資訊，也要多加留意劇烈天氣可能導致的災害，務必提高警覺。