雨水下水道與都市居民生活息息相關，為健全臺南市都市計劃區排水系統，確保人民生命財產安全，市府自縣市合併後積極推動雨水下水道建設，雨水下水道規劃長度960.03公里，為全國最長，截至107年度雨水下水道幹支線完成累計已完成建設長度612.89公里，實施率達63.84%，雨水箱涵建設長度為全國第4。本(107)年度本市建設雨水下水道長度19.461公里，預定投入之雨水下水道建設經費約新臺幣10.57億元，市府積極爭取內政部營建署流域綜合治理計畫(103-108年度)補助、梅姬颱風臺南市易淹水地區急需改善工程經費及「前瞻基礎建設水環境建設計畫」等補助，辦理低漥地區抽水機組擴充更新、抽水站新建、雨水下水道新建及聚落防護等工程，顯示市府對於雨水下水道建設的重視及決心。
市府水利局說明，往年雨水下水道清淤工程經費多由營建署之振興經濟特別預算補助辦理，自101年度起營建署已不再編列振興經濟特別預算，市府更攢節財政特編列清淤工程預算，本(107)年度臺南市編列之雨水下水道維護管理經費達新臺幣7仟1佰萬元，在有限的經費下，分配雨水下水道各項維護作業，期能保持雨水下水道系統暢通。本市雨水下水道開孔檢查及清淤作業由各行政區區公所以開口契約方式辦理雨水下水道定期巡檢清淤，水利局針對公所回報淤積較深幹線排程清淤，每月防汛會議追蹤各區公所雨水下水道清淤進度。併重點檢討環保局辦理道路側溝清疏情形。內政部營建署亦於本年度3月訪視本市雨水下水道維護管理狀況，南市於「107年度雨水下水道維護管理成效評核計畫」獲評甲組甲等，獲中央肯定。
水利局最後強調，由於氣候變遷使得去年臺南市經常性驟雨，地面逕流如果無法及時排除，將立即造成區域嚴重積淹水情事，道路側溝屬道路逕流收集系統，因此特別籲請民眾勿墊高或覆蓋側溝進水口，以免影響路面地表水藉由側溝流入雨水箱涵，讓民眾在豪大雨及風災時免於淹水之苦。