臺南市政府水利局為配合國家前瞻綠能建設計畫，協助於臺南市沙崙綠能科學城建置污水系統，以解決綠能科學城污水排放問題，防止河川水體的水質污染；並提供沙崙綠能科學城完善的基礎建設，協助綠能產業聚落發展。
水利局說明，沙崙綠能科學城位於高鐵台南站附近，目前高鐵特定區污水下水道系統已於民國93年建置完成，惟區內目前無污水處理廠可處理污水，若單獨設置污水處理廠，尚須辦理用地徵收且其興建時程約需5年，又科學城進駐廠商之工程建設已於107年5月陸續動工，恐難以配合沙崙綠能科學城之營運時程。為推動地方建設，水利局於106年7月6日已獲行政院於前瞻計畫「科學城低碳智慧環境基礎建置-公共建設部分」核定7.93億元。預計於106年至110年完成沙崙高鐵特定區周邊之「高速鐵路台南車站特定區既有污水管線CCTV檢視及第一階段整建工程」、「綠能科學城污水專管工程」及「仁德水資中心用地取得作業」，管線部份規劃興建8.3公里管徑500~1000mm的專管及整建特定區內既有污水管線，將污水納入既有之仁德水資源回收中心處理，辦理時程將可以大幅縮短，且不須另行設置污水廠亦可降低後續營管費用，創造雙贏局面。
水利局強調「高速鐵路台南車站特定區既有污水管線CCTV檢視及第一階段整建工程」已於108年6月份竣工，完成既有管線(管徑200~700mm)內部檢視及評估堪用狀況總長度約21.2公里、既有管線整建總長度約14.5公里及既有人孔與陰井整建約152座。提供高速鐵路台南車站特定區(含沙崙綠能科學城)內各單位(如綠能科技聯合研究中心、綠能科技示範場域、中央研究院南部院區、智慧綠能循環宅住園、大臺南會展中心及台灣智駕測試實驗室等) 完善之污水下水道系統。另「綠能科學城污水專管工程」已於去(108)年底完成約6.4公里管徑300~1,000mm之污水下水道，已達總工程進度75%，故可望於今(109)年底竣工後啟用通水，配合沙崙綠能科學城各單位建設之時程，使各進駐單位不需自行設置污水處理系統即可處理所排放之污水，達到民政雙贏的業界發展。
水利局表示現已完成第一階段「高速鐵路台南車站特定區既有污水管線CCTV檢視及第一階段整建工程」之整建目標，且有信心可望於今(109)年完成第二階段「綠能科學城污水專管」污水系統建置，屆時除可提供沙崙綠能科學城內各單位、高速鐵路台南車站特定區污水系統完善外，更可提供特定區外專管沿線之污水系統接入，如臺南看守所、臺南監獄及大潭社區之污水系統等，以減少民生污水造成二仁溪流域之環境污染，冀望藉此改善生活品質，打造本市更完善的基礎建設，營造出更適合市民居住的環境，及協助中央的前瞻計畫綠能產業聚落發展。