為改善運河水質，提供市民兼具生態及人文歷史之親水環境，臺南市長黃偉哲積極向中央爭取經費，辦理安平運河水質溶氧改善計畫。該計畫獲行政院環境保護署支持並核定330萬元，規劃以高效率曝氣設備提升水中溶氧，讓運河水質不再惡化。
水利局表示，每年三月至五月逢季節交替之際，運河魚群死亡事件頻傳。依先前研究結果顯示，造成死魚的主因之一即是水體溶氧不足，初步推測其原因包括水體翻騰效應(因季節轉變造成的溫差或雨量過大而導致)及水體本身分層所產生的溶氧差異。
為改善運河溶氧不足情形，水利局向行政院環境保護署成功爭取330萬元經費，規劃於運河盲段區域設置高效率曝氣設備，將運河盲段水體溶氧量提升至6.5mg/L以上，並配合溶氧監測及曝氣設備聯動裝置，在溶氧量低於2 mg/L(一般認為魚類存活最低需氧量)時啟動該系統增加水中溶氧。期透過智慧自動化裝置即時改善運河水質，強化河川自淨能力。水利局已於3月中旬陸續架設相關設備測試，預計4月中旬完成10組設備運轉。
市府改善安平運河水質不遺餘力，將持續爭取經費辦理水質改善工程，使運河水質不再惡化，形塑臺南成為「宜居」的友善城市。