因為受到全球暖化氣候變遷的影響、極端事件災害的頻率增加、上游水庫興建及坡地水土保持工程、中下游河川疏濬以及海岸漁港的興建等因素，造成了海岸地區砂源減少、受到阻斷，使得砂源補充不足，海岸侵蝕沙洲退縮嚴重。以青山港沙洲為例，民國83年至98年期間，每年即以平均50公尺的速度退縮，七股潟湖的面積也因此越來越小。沙洲及潟湖可以說是海岸天然的第一道防波堤及滯洪池，如未及時辦理復育工程，恐對沿海整體防災功能造成嚴重影響，因此臺南市政府水利局於縣市合併後投入約2.6億元辦理沙洲復育工程，目前已有效減緩沙洲退縮速度，並以潟湖永續發展為目標。
臺南市政府水利局自縣市合併後迄今(100年至107年)，於北門區及七股區共計辦理30件沙洲復育工程，總經費約2.6億元，復育沙洲面積約78公頃，復育沙洲長度約16公里，疏濬潟湖土方約93萬方。復育方法大致從兩個方向著手，首先是減少外在的侵蝕因素，主要係利用竹樁、海事固袋及沙腸袋等近自然工法，消減波浪及暴潮能量，達到減緩沙洲侵蝕的效果；另一部分則是加強沙洲內在的防護強度，主要以抽砂養灘、編籬定砂及搭配植生復育，達到加高培厚沙洲的效果。由於抽砂養灘是抽取潟湖內的淤砂填築於沙洲上，因此也一併達到了清淤潟湖的功效，延長了潟湖的壽命。
水利局表示，根據衛星影像判讀，青山港沙洲於101年至107年期間，退縮速度已大幅減少，從每年平均50公尺減緩為6公尺。若比較105年至107年變化，全線則呈現穩定甚至部分區域有往外海成長趨勢，表示沙洲復育已有初步成效。目前全線幾乎已完成鄰海側消波防護設施施作(竹樁、沙腸袋)，後續工作將注重在沙洲本身加高、培厚以及固砂恢復植生為主，以達到復育沙洲及潟湖永續發展的目標。