89年5月25日行政院農業委員會劃定公告白河、烏山頭水庫集水區等2座特定水土保持區，依水土保持法第19條第2項：「經劃定為特定水土保持區之各類地區，區內禁止任何開發行為」，卻因劃定特定水土保持區而禁止開發，影響地主權益甚鉅，目前白河水庫集水區特定水土保持區由經濟部水利署辦理長期水土保持計畫及通盤檢討後，將無需特別保護地區劃出特定水土保持區；烏山頭水庫特定水土保持區由本府擬定「烏山頭水庫集水區特定水土保持區長期水土保持計畫」予中央主管機關(行政院農業委員會）辦理審查作業中。
關子嶺地區已於70年核定公告關子嶺特定區計畫，並已劃定住宅區、商業區、遊樂設施區、旅館區等分區，卻因行政院農委會89年劃定公告白河、烏山頭水庫集水區特定水土保持區後遭限制開發。經本府向行政院農業委員會反映後，105年2月24日行政院農業委員會函示於特定水土保持區內申請建築法第4條或第7條之建築物或雜項工作物，倘於既有合法建築物之建築面積內，依建築法申請建築執照，非屬水土保持法第8條第1項第5款「開發建築用地」，開放既有合法之建物所申請之建築面積得重新申請建照。另行政院農業委員會於108年5月8日訂定有關水土保持法第19條第2項「不涉及一定規模以上之地貌改變」規定，並發布「特定水土保持區一定規模以上之地貌改變認定辦法」。
目前烏山頭水庫管理機關由臺南市政府擔任，白河水庫管理機關由經濟部水利署擔任，依水土保持法第18條規定每五年通盤檢討一次，並檢討部分廢止特定水土保持區，以期廢止關子嶺特定區都市計畫範圍，使不具災害疑慮地區回歸一般山坡地管制，除了促進關子嶺地區觀光發展及土地合理利用、減少民怨，以期保育水土資源，涵養水源，減免災害，減少土砂淤積，增加庫容。