臺南市沿海養殖漁塭面積至今年達1萬4千餘公頃，為全國養殖魚塭面積第一位，部分公眾使用之閘門老舊不堪使用，除有影響養殖戶取排水造成不方便外，更有外水入侵之虞，為徹底解決養殖區老舊閘門問題，水利局從104至107年編列4300餘萬整修與維護經費，進行閘門維護及改善工程。
首先於105年第一期養殖區閘門改善工程投入3000萬將北門區、七股區9座木製或鑄鐵水門改成不銹鋼水門，並於106年完成改善後一併交由當地公所進行相關維護保養，不但提升鄰近養殖漁業產能，同時降低水患機率。
第一期工程在106年完工後，水利局再於107年度編列1,353萬元辦理第二期【107年度臺南市養殖區水門改建工程】，設計完成後雖因107年下半年物價波動多次流標，水利局仍積極邀請優質廠商評估投標，終於108年初發包完成並開工，預計將於108年底完工。
水利局表示，【107年度臺南市養殖區水門改建工程】規劃於北門區、七股區之養殖區進行共5座老舊閘門的改善，主要為既有閘門設施修補，包括地基掏空造成閘門止水不佳灌漿填補及改善止水封，另外部分舊式磚造閘門，已無法防止外水入侵，故重新改建為鋼筋混凝土結構之新建閘門設施，以改善當地漁民養殖環境。
水利局表示，除養殖區閘門改善外，針對北門區、學甲區、將軍區等易淹水地區，市府近年更投入大量經費進行相關治水工程，以提供優良養殖環境，提升產業競爭力，讓大臺南養殖漁業更具發展潛力。同時有效解決豪雨排水問題，確保漁民生命財產安全。