市府水利局於民國106年完成串聯山海圳綠道及雙博物館自行車道，同時編列預算持續優化自行車道老舊設施，並針對已完成自行車道與綠帶維護、施設自行車道節點藝術，除可保障自行車道使用民眾生命財產安全外，亦提供市民假日休閒、打卡熱點的安全場所。
山海圳綠道及雙博物館自行車道是一條臺南首見長距離水岸自行車道，沿線串聯奇美博物館、二仁溪水岸、黃金海岸、安平鹽水溪堤頂、台江國家公園、臺灣歷史博物館、臺南科學園區及烏山頭水庫，是一條富含歷史、文化深度、現代科技、又有自然生態之美的綠徑。市民可沿著嘉南大圳旁，透過連續性的休閒空間與舒適性的騎乘動線，增加遮蔭性、建設具特色跨越水岸自行車橋及維護管理，優化市民步行和自行車的通行安全，是全台獨一無二的自行車道。
近期發生外勞佔用自行車道烤肉及自行車道設施遭民眾破壞等情事，本局除後續將請維護廠商針對損壞進行修復，並規劃設置禁止告示進行警告、函知相關所屬機關協助勸導，亦加強巡查，以維持自行車道之品質，行經民眾之安全與環境整潔。
水利局強調，該路線總長約90公里，沿線綠帶草皮、喬、灌木修剪、遇缺株之補植等相關工作量十分龐大，為持續提供市民優質的休閒遊憩運動場所，須長期及高頻率之維護，方能維持水岸自行車道之狀態及品質，更需要全民共同維護得來不易之自行車環境，以提供市民「親水」自行車空間，讓市民利用自行車享受水岸沿線的壯麗景緻，使本市邁向低碳、漫活城市的目標。