特定區域內污水管線於民國93年建置完成，至今已十餘13年，管線可能因破損、淤塞等問題，以致無法順利輸送污水。本府水利局依據行政院106年7月6日核定之「科學城低碳智慧環境基礎建置-公共建設部分」，預計投入7.93億元，以完成高鐵臺南站特定區污水下水道系統，包括高鐵特定區台南車站內既有管線檢視及整建、污水輸送專管工程設置納入仁德污水下水道系統處理，確保污水輸送及處理無虞，創造沙崙綠能科學城的綠能產業發展。
水利局說明，污水管線整建工程為免影響交通暨提升施工效率，採免開挖工法，於既有管線發生或預防缺陷影響其原有功能時，利用原有管道或空間進行整建，使其恢復原有之功能；發包工程範圍，基地東側為高發三路，北側為歸仁一路，沿高發二路、高發一路、歸仁大道，西側接中正南路二段、南側為大武路二段，詳如附圖紅色框範圍；發包工期300日曆天，預計107年1月下旬開工；主要工項為管網CCTV檢視約17公里、區段非開挖整建約8.6公里、區段管線整建後滲漏水試驗等，工程完工後區內污水可完整收集。收集後，藉6.2公里長的專管，自大武路一段、大武路二段轉中正南路二段，由光明街銜接至台86線東西向快速道路側車道往西鋪設至既有仁德污水下水道系統A019人孔，以既有管線輸送至仁德水資源回收中心處理，詳如附圖藍色線條，專管工程目前正委託工程顧問公司設計中，預計本(107)年6月發包施工，109年底完工。
根據綠能科學城籌備辦公室資料，目前進駐單位為本府會展中心、觀光旅館(預定)、科技部南部工業園區管理局、中央研究院及台糖住宅區等，正如火如荼設計、施工中，水利局為配合沙崙綠能科學城的綠能產業建設及發展，積極纘趕工進，共創台灣經濟榮景。