為改善三爺溪排水水質，臺南市長黃偉哲積極向中央爭取經費，並獲行政院環保署於110年3月底核定約7.8億元工程經費，辦理三爺溪上游排水截流及虎尾寮水資源回收中心擴建工程，可望有效削減上游排水污染負荷，使三爺溪排水重現「水清、魚現」風貌。
水利局表示，三爺溪排水屬二仁溪支流，為本市重要市區排水，歷年水質多為嚴重污染。依據環保署監測資料，三爺溪流域的網寮橋、五空橋及永寧橋等3處水質測站，水質為中度至嚴重污染區段，並以上游網寮橋河段污染最為嚴重，由於永康及仁德區為人口及事業集中區域，推測其主要污染源為生活污水與事業廢水，為進一步改善三爺溪上游河段水質，市府於108年獲中央核定約2,900萬元，已完成網寮橋上游大灣排水截流及虎尾寮水資源回收中心功能提升工程設計；今年也獲環保署大力支持，核定7.8億萬工程經費，透過截流網寮橋上游24,000 CMD晴天污水至虎尾寮水資中心處理，以減少三爺溪污染負荷，同時因應截流水量增加，將虎尾寮水資源回收中心每日處理水量由每日12,000噸增加為27,000噸。
為加強改善三爺溪上游河段水質，避免基流量不足情形，水利局亦規劃將10,000噸水資中心放流水回送至上游網寮橋河段，為三爺溪益補乾淨水源。依據設計成果推估，經虎尾寮水資中心處理後之水質可達BOD小於15mg/L、SS小於15mg/L、氨氮小於2mg/L，削減率可達80%以上，可望使三爺溪上游河段水質由嚴重污染降至中度污染以下。目前已完成細部設計，辦理工程上網發包作業中。
此外，水利局持續辦理仁德及虎尾寮污水下水道系統，已分期分年陸續接管中。其中，仁德污水下水道系統(含東區)建設計畫全期共分四期，總經費約109億元，全期設計處理污水量為58,800 CMD，預計可接管約72,453戶(含東區竹篙厝及成功分區)，目前累計已接管7,851戶。由於前述區域人口密集，預期用戶接管工程發包施工後可加速提升污水下水道用戶接管普及率並改善環境品質。而虎尾寮污水下水道系統建設計畫全期設計處理污水量為12,000 CMD，原虎尾寮重劃區已建置完成，累計已接管5,859戶，目前新增東區虎尾寮污水分區，總經費約21億元，預計可接管約15,158戶，目前污水管網佈設中。
水利局最後表示，將持續積極辦理仁德、虎尾寮污水下道系統及水質淨化工程，削減二仁溪及三爺溪污染負荷，期盼透過這一系列的水質改善建設，將能使三爺溪重現「水清、魚現」風貌。