為更進一步改善運河盲段區域易有死魚及異味情形，水利局委託辦理「臺南運河水質改善可行性研究委託技術服務」，期望透過水質調查及臭味分析了解污染來源，研擬可行方案改善盲段區域水質，執行期間為9月下旬至109年11月，將依評估成果持續爭取經費辦理後續水質改善作業，打造運河的親水環境，提升觀光產值。
為改善安平運河水質，水利局除積極推動污水下水道系統及污水截流工程，將原本排入運河的民生污水透過用戶接管及截流站排入安平水資源回收中心處理後排放，搭配底泥清淤作業，已為安平運河杜絕9成污染來源。
水利局表示，市府於91年至98年期間，透過運河底泥清淤作業，已移除約40萬噸底泥，另水利局持續推動污水下水道，更有效避免大量民生污水持續排入運河造成水質惡臭底泥淤積，目前安平運河集水區用戶接管率已達6成，再透過運河週邊5處截流站及34處雨水箱涵與側溝截流設施攔截民生污水至安平水資源回收中心處理，目前已為安平運河杜絕9成污染來源，有效防止運河水質惡化並維持水質於穩定狀態。
經水利局評估，目前運河週邊每日仍有6,173噸晴天污水尚未截流，為進一步改善運河水質，水利局已優先針對水質較差水量大之排水口辦理截流設施細部設計作業，預計每日截流量為5,383噸，後續將持續爭取工程經費提升水資中心餘裕量並辦理截流工程。
市府為改善安平運河水質不遺餘力，透過多種工程手法移除污染源，使運河水質穩定不再惡化，後續將持續透過提升用戶接管率、污水截流及盲段水域改善等策略，進一步提升運河水質，打造親水家園。